Hoe open source-aanpak de wetenschap beïnvloedt

In deze nieuwe Science-categorie binnen It's FOSS duiken we in de opwindende wereld van Innovative Science om te ontdekken hoe het op Linux gebaseerde besturingssysteem en Open Source een belangrijke rol spelen in de grote wetenschappelijke doorbraken die plaatsvinden in onze dagelijks leven.

Het effect van een open source benadering op weg naar wetenschap

Afbeeldingsbron: //www.sci-gaia.eu/osp-enab/

In de toekomst zullen we ernaar streven om de gedachten te onderzoeken die in de titel van dit artikel worden genoemd. Laten we voorlopig eens kijken naar de volgende kernpunten:

Transparantie

Transparantie is een praktijk die als zeer waardevol wordt beschouwd in elk project dat wordt ondernomen. Het gaat er allemaal om hoe open het proces van beoogde gedeelde informatie die wordt gedistribueerd is. Transparantie zorgt ervoor dat elke vorm van actie gemakkelijk kan worden uitgevoerd, omdat het een belangrijke rol speelt bij het opbouwen van een effectief besluitvormingsproces binnen een organisatie of gemeenschap. Een eenvoudig voorbeeld van een goede transparantiepraktijk is een complete set transacties van transacties tussen twee personen of teams die op elk moment beschikbaar zijn voor raadpleging door beide partijen.

Hoewel transparantie en open source niet precies hetzelfde zijn, hebben beide dezelfde ideologieën. De Open Source-aanpak levert altijd een positief effect op de transparantie binnen elk projectteam. Omdat de originele broncode beschikbaar is in het publieke domein en kan worden hergebruikt, wordt het voor verschillende samenwerkingsverbanden eenvoudiger om tussen verschillende groepen of teams te worden geboren om te werken aan het oplossen van een wetenschappelijk probleem dat de samenleving zou kunnen helpen. Over Linux gesproken, het is altijd de eerste voorkeur in wetenschappelijk onderzoek wat de aard van softwarepraktijken vandaag betreft. Gebaseerd op verschillende observaties van onderzoekers, heeft Linux de voorkeur en dat is goed nieuws!

Kwaliteit van onderzoek

Onderzoek zonder kwaliteit resulteert altijd in verminderde of geen effectiviteit. Het is duidelijk hoe Linux en FOSS de kwaliteit van wetenschappelijk onderzoek waar ook ter wereld diepgaand beïnvloeden. Het effect op transparantie, zoals hierboven besproken, heeft eveneens een ander positief effect op onderzoek, omdat wanneer software die wordt gebruikt om wetenschappelijke analyses uit te voeren open source is, het eenvoudiger en gemakkelijker wordt om experimentele resultaten en fouten te begrijpen. Het helpt enorm bij het isoleren van de oorzaak van een softwareprobleem. Het vermogen om wetenschappelijk werk te hergebruiken voor zijn oorspronkelijke of een ander doel, dat wil zeggen toepasbaarheid, zal alleen mogelijk zijn wanneer de originele broncode beschikbaar is, waardoor deze absoluut gereed is voor implementatie of debugging na het aanbrengen van updates met de nodige wijzigingen.

Stroom van ideeën

Zoals dit kernpunt suggereert, moet wetenschappelijke kennis niet worden beperkt. Zo ontstond het concept van open access. Open Source ondersteunt de geest van vrijheid van wetenschappelijke kennis met zijn open model. Eigen software betekent gesloten bron, wat een gebrek aan transparantie impliceert om te begrijpen hoe het echt werkt. Wanneer we niet begrijpen hoe het eigenlijk vanuit de kern werkt, worden we dan niet belemmerd om ons gerichte probleem met de vereiste precisie effectief op te lossen? De tijd die is besteed aan het repliceren of verbeteren van een dergelijk model zou sterk kunnen zijn verminderd als het in de eerste plaats open source was!

Een recent onderzoek werd gepubliceerd door ScienceDirect, waaruit bleek dat het de Open Source-sector is die de sector domineert in vergelijking met zijn eigen tegenhanger bij het overwegen van de lange termijn. Dit is gedaan door het bestuderen en formuleren van hun onderlinge relaties die overeenkomen met R & D.

Scope of Improvement

Zorgvuldige studie van open source-code geeft de wetenschappelijke programmeur de mogelijkheid verbeteringen te noteren, foutieve bugs die van vitaal belang kunnen zijn voor wetenschappelijke nauwkeurigheid en het implementeren van nieuwe functies. Het introduceren van nieuwe functies wordt eenvoudiger omdat de gebruiker weet waar hij intelligent moet worden geïmplementeerd binnen de verschillende open source-codefragmenten waarvan elk onderdeel duidelijk toegankelijk is.

Besparingen op financiering

Voor elk wetenschappelijk onderzoek is voldoende geld nodig om effectief te werken aan een verbeterd doel. Om te kunnen uitvinden of ontdekken, hebben we tools nodig. Maar als het gaat om softwaretools, is het duidelijk hoe het aannemen van een open source-model de kosten zou verlagen. We hoeven geen duur besturingssysteem te kopen tijdens het bouwen van een wetenschappelijk laboratorium. Computers worden zwaar aangeraden om in-silico- analyse uit te voeren en gelukkig hebben we een enorme hoeveelheid vrij beschikbare, open source wetenschappelijke besturingssystemen en software om op dezelfde manier te werken. De uitgaven die gaan voor het kopen van bedrijfseigen software kunnen met recht worden gebruikt om daadwerkelijk onderzoek te doen, gewoon door in plaats daarvan open source software te gebruiken.

Open Source Journals

Wetenschappelijke tijdschriften zijn een bron van betrouwbaar informatie- en onderzoeksnieuws. Interessant is dat we nu zelfs softwaretabladen hebben die uitsluitend zijn bedoeld voor het opzoeken van Open Source-informatie. Een van hen is JOSS, ofwel The Journal of Open Source Software, een geweldige bron om te browsen op open source software-pakketten voor onderzoek. Het tijdschrift is specifiek ontworpen met een ontwikkelaarvriendelijke aanpak. We zullen meer van dergelijke tijdschriften in toekomstige artikelen bespreken.

Open Science

Open Science is een beweging die langzamerhand een revolutie wordt, om al het wetenschappelijke werk voor iedereen beschikbaar te maken, ongeacht de status van het individu of de groep die gretig is om te weten of te leren. Dit is op een zeer eenvoudige manier in de afgebeelde afbeelding (door Sci-Gaia) van dit artikel beschreven. Sci-Gaia bevordert het gebruik en de ontwikkeling van e-infrastructuur in Afrika. Het idee van Open Science dateert al zolang als het teruggaat tot de jaren 1600! Open Science is gebaseerd op vier kernwaarden: open toegang, open data, open source en open standaarden. Veel landen hebben volwaardige open dataprojecten. Hier zijn Frankrijk, India en de VS. Bekijk deze prachtig geïllustreerde en interactieve open science-pagina op de Sci-Gaia-website!

Hieronder volgen de wetten van Open Science:

  • Eerste wet: alle gegevens zijn open en alle ideeën worden gedeeld
  • Tweede wet: Iedereen kan op elk niveau deelnemen
  • Derde wet: er zullen geen octrooien zijn
  • Vierde wet: suggesties zijn de beste vorm van kritiek
  • Vijfde wet: openbare discussie is veel waardevoller dan privé-e-mail
  • Zesde wet: een open project is groter dan en is geen eigendom van een bepaald lab

De bovenstaande wetten werden voor het eerst vastgelegd door de visionaire wetenschapper en onderzoeker Matt Todd in zijn eigen blogpost over Open Source Drug Discovery (OSDD - hierna besproken) voor Malaria. De volgende video noemt de eerste drie:

Zijn team begon met open source-onderzoek naar malaria tegen de beruchte ziekte die miljarden mensen over de hele wereld in gevaar brengt tot op de dag van vandaag. Het heet The Open Source Malaria-project, een bron van relevante informatie die primair is gericht op het bestrijden van Malaria. Hier is een uitgebreide open access publicatie in het Nature-tijdschrift waarin wordt besproken hoe en waarom Open Source een Research Accelerator is!

Open Source Drug Discovery (OSDD)

OSDD is een initiatief om nieuwe geneesmiddelen te vinden om ziekten te bestrijden met een Open Source-aanpak. Bharath Ramsundar, die de ontwikkeling van een Python-bibliotheek op basis van deep learning voor drug discovery, materiaalwetenschap, kwantumchemie en biologie, genaamd DeepChem, op gang heeft gebracht, schreef een opmerkelijk artikel over Why Should Drug Discovery Open Source. Met DeepChem als voorbeeld heeft hij het concept duidelijk uitgelegd en benadrukt hij hoe groot de impact is wanneer Scientific Software Open Source is.

In de komende artikelen over Science zullen we ontdekken hoe de opkomende trends op verschillende gebieden evolueren door ze te herdenken met een open source-perspectief.

Aanbevolen

Chrome OS Look-Alike Linux Distro Chromixium uitgebracht
2019
Virus Alert! Een Linux Only Trojan "Hand Of Thief" Spotted In Grey Market
2019
De bronlicentie voor bedrijven voldoen aan de open source-eisen
2019