Ziekte begrijpen met Tabula Muris - De Open Source Database via Chan Zuckerberg Biohub

In dit nieuwe Open Science-artikel hebben we een Open Source Database met de naam Tabula Muris verkend en hoe kan deze aanzienlijk bijdragen aan het begrip van ziekte voor de preventie of genezing.

Maar voordat we dat doen, willen we in het kort het Chan Zuckerberg-initiatief voorstellen van Priscilla Chan en haar echtgenoot Mark Zuckerberg, die we al kennen als de oprichter en CEO van Facebook.

Het initiatief werd opgericht op 1 december 2015, met een focus op het ondersteunen van wetenschap door fundamenteel biomedisch onderzoek en onderwijs door middel van gepersonaliseerd leren. Het heeft een schenking van 99% van de Facebook-aandelen, beloofd op $ 45 miljard.

De volgende video beschrijft zijn reis tot nu toe:

De Chan Zuckerberg Biohub, met het handelsmerk "CZ Biohub", maakt deel uit van dit initiatief dat afzonderlijk werkt. Onderzoekers van Stanford University, Chan Zuckerberg Biohub, VA Palo Alto Healthcare System en de University of California vormden samen een team en creëerden een vrij uitgebreide Open Source database van muiscellen en noemden het Tabula Muris, wat 'Muisatlas' betekent.

De Biohub doet onderzoek door deze eenvoudige idealen te volgen:

  • Helpt grote gezondheidsproblemen op te lossen door de beste en slimste biologen, wetenschappers, ingenieurs en technologen te vinden en te ondersteunen.
  • Een cultuur die de nadruk legt op intellectuele vrijheid en samenwerking.
  • Hun team voorzien van de beste wetenschappelijke hulpmiddelen.
  • De juiste wetenschappelijke hulpmiddelen uitvinden wanneer deze niet beschikbaar zijn.

Waarom is deze nieuwe Open Source-database zo belangrijk voor het begrijpen van ziekten?

Achter elke preventieve maatregel of remedie schuilt hoe goed een ziekte wordt begrepen om het te behandelen of te behandelen.

Voordat we de inhoud van deze database kennen, is het belangrijk om te weten wat een muismodel is. Een muismodel is uiterst nuttig omdat genetisch en genomisch de mens en de muis sterk op elkaar lijken, waarbij veel van de ziektegerelateerde genen vrijwel identiek zijn. Dus als je een remedie tegen een muisaandoening ontdekt, wordt er een nieuw pad geopend en is er een grote kans dat je op dezelfde methode kunt werken om een ​​vergelijkbare menselijke aandoening te behandelen.

Daarom is het duidelijk waarom een ​​Open Source-database zoals Tabula Muris in grote mate kan bijdragen aan het effectief gebruiken en versterken van dit muismodel.

DOI: 10.1038 / s41586-018-0590-4

De database bestaat uit ~ 15 GB Open Source Datasets beschikbaar op Figshare, een open platform voor het delen van onderzoeksgegevens. Code en annotaties zijn beschikbaar op GitHub.

Deze 'Muisatlas' bestaat uit single-cell transcriptomic data van het modelorganisme Mus musculus (de wetenschappelijke naam voor muis) bestaat uit meer dan 100.000 cellen uit 20 organen en weefsels.

De Tabula Muris, hoewel niet volledig in zijn huidige fase, heeft slechts een solide basis gelegd voor toekomstige studies in verschillende fysiologische disciplines.

Als we kort stilstaan ​​bij enkele conclusies van onderzoek uit het verleden die gebaseerd zijn op muismodellen om ziekten te bestrijden, zouden we gemakkelijker begrijpen waarom de database zo nuttig kan zijn om ze allemaal te bestuderen.

Onderzoek naar ziekten op basis van muismodel

Ziekte van Alzheimer

Het artikel concludeerde dat er verschillende muismodellen worden gebruikt in preklinische studies en hoewel ze een waardevol hulpmiddel vormen voor zowel het testen van nieuwe geneesmiddelen als het ontcijferen van de pathofysiologie van de ziekte van Alzheimer, moeten ze worden verbeterd om een ​​betere extrapolatie van de gegenereerde resultaten in de kliniek.

DOI: 10.3233 / jad-170045

suikerziekte

In de laatste paragraaf concludeerde de paper de discussie over effectieve muismodellen om diabetes en obesitas gerelateerde nierziekte te begrijpen en nieuwe diagnostische en behandelstrategieën te ontwikkelen. Diabetes, obesitas en nierziekten zijn allemaal onderling verbonden.

DOI: 10.1371 / journal.pone.0162131

Hartfalen

De conclusie van dit artikel benadrukt dat relatief eenvoudige wijzigingen in het experimentele ontwerp van diermodellen voor hartfalen de potentie hebben om een ​​beter begrip van de complexiteit van het klinische hartfalen syndroom mogelijk te maken, wat kan leiden tot klinische vooruitgang met de momenteel beschikbare technologieën.

DOI: 10.1242 / dmm.005017

Kanker

Dit laatste artikel toont de betekenis van een Open Science Initiative zoals Biohub. Er wordt gesproken over een team met meerdere vaardigheden, bestaande uit tumorbiologen, pathologen en clinici, evenals deskundigen op het gebied van weefseltechnologie en regeneratieve geneeskunde, systeembiologie, biomaterialen, biomedische beeldvorming, farmacologie, engineering, natuurkunde, materiaalwetenschappen en bioinformatica die de krachten bundelen om preklinische preklinische vaardigheden te verbeteren. muismodelontwerp, dat erg lijkt op de visie achter hoe Tabula Muris werd gemaakt.

DOI: 10.1016 / j.tibtech.2017.12.001

Door al deze conclusies heen te gaan en te verwijzen naar de database in Figshare, kan men zich een beeld vormen van de betekenis ervan als een nieuw platform voor studenten en onderzoekers om voort te bouwen op het verbeteren van het muismodel.

Samenvatting

Dus in dit artikel bespraken we in het kort Tabula Muris en probeerden we ook de betekenis ervan te begrijpen door het te relateren aan onderzoek naar ziekten die worden aangestuurd door het muismodel.

Laat het ons weten in de comments hieronder als je feedback of gedachten hebt over dit nieuwe 'Mouse Atlas'.

Aanbevolen

Dingen om te doen na het installeren van Fedora 24
2019
Hoe u uw FTP-server instelt onder Linux
2019
PDF-bestanden splitsen, samenvoegen, roteren en opnieuw ordenen in Linux met PDFArranger
2019